Abaixo está meu script AutoIt (UI3_Authentication.au3) para manipular um pop-up de autenticação do Windows.

AutoItSetOption("WinTitleMatchMode","2")  
WinWait("Authentication Required")   
$title = WinGetTitle("Authentication Required") ; retrives whole window title   
$UN=WinGetText($title,"User Name:")  
ControlSend($title,"",$UN,"test");Sets Username  
$PWD=WinGetText($title,"Password:")  
Send("{TAB 1}")  
ControlSend($title,"",$PWD,"test1234");Sets PWD  
Send("{ENTER}")  

Abaixo está minha chamada de código Selenium para o arquivo AutoIt exe acima.

package tests;

import java.io.IOException;  
import org.openqa.selenium.WebDriver;  
import org.openqa.selenium.firefox.FirefoxDriver;  

public class Handling_Windows_Based_Prompt {

public static void main(String[] args) throws IOException{  
WebDriver c1 = new FirefoxDriver();  
c1.get(“http://www.test.com”);  
        Runtime.getRuntime().exec("C:\\POM_Newdemo\\EF_Automation_Demo\\UI3_Authentication.exe");

}  
}

Quando executo o arquivo Selenium acima, ele abre a página e a autenticação é exibida. Mas não é inserir nome de usuário e senha; ele aguarda a entrada do usuário.