Como OnModelCreating e Migrações não automáticas se relacionam?

Quando eu adiciono uma nova tabela que tem algumas relações com o meu banco de dados e, em seguida, executeAdd-Migration Eu vejo que o código é gerado noUp método para adicionar a tabela e suas relações. No entanto, eu prefiro definir a relação usando a API fluente noOnModelCreating método. Como esses dois métodos interagem? Posso apagar o código doUp método que define a relação por exemplo?

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