Eu criei um maravilhoso GitHub Pagessite para meu pequeno projeto, e eu adicionei algumas outras páginas nogh-pages ramo. Meu problema é que, toda vez que eu regenhei o site a partir de 'Configurações => Automatic Page Generator', tudo está limpo e eu tenho que restaurar os arquivos manualmente.

Existe uma maneira de evitar ou contornar isso?

Teria sido muito melhor se o Automatic Generator estivesse sobrescrevendo suas coisas sem remover os arquivos existentes.