Duplicata Possível:
Como você pode codificar para Base64 usando JavaScript?

Eu tenho um aplicativo da web baseado em Java, Wicket e JQuery, que tem uma função para permitir que os usuários façam upload de arquivos (imagens, pdfs, rtf) através de dados de formulário / multipartes.

Nossa infra-estrutura de segurança na Web faz a filtragem de todo o tráfego HTTP para coletar conteúdo possivelmente malicioso, por exemplo. Ataques XSS, injeção SQL, saturações de buffer etc.

O filtro não faz distinção entre os campos normais de entrada de texto e os dados do arquivo, de modo que ele detecta falsos positivos de muitos arquivos binários carregados, impedindo que esses arquivos sejam carregados. Não consigo alterar a política de segurança.

Parece que a melhor maneira de contornar isso seria que os dados de arquivo fossem codificados na base 64, de modo que fossem enviados com uma Content-Transfer-Encoding: base64 similar ao que os clientes de email fazem.

Existe alguma maneira de direcionar o navegador para transferir binário como base64 ou algum outro formato não-binário?

Se não, poderia ser feito manualmente com algum JavaScript?