Expression Engine - Removendo completamente o index.php

Eu tenho usado o código abaixo no meu arquivo .htaccess por um tempo para fazer as URLs de EE funcionar sem precisar de index.php na URL. O que eu descobri é que eu estou recebendo alguns relatórios de ferramentas de rastreamento que estou recebendo conteúdo duplicado como / lorem / ipsum / também está aparecendo em algum lugar como /index.php/lorem/ipsum/.

Eu sei que isso é provavelmente um resultado de um link perdido referenciando o index.php na URL, mas eu gostaria de fechar as lacunas, forçando index.php fora dos links. Eu dei uma olhada, mas não consigo descobrir como forçá-lo.

RewriteEngine On
RewriteBase /

RewriteCond $1 !\.(gif|jpe?g|png)$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]

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