Eu estou criando um site muito grande baseado em PHP MVC que terá uma grande biblioteca de classes php, javascripts e muitos arquivos css (para não mencionar uma grande quantidade de arquivos para o MVC).

Pela primeira vez, estou na verdade planejando uma estrutura de diretórios limpa e organizada.

Quais estruturas de diretório você normalmente usa e quais serão mais fáceis de manejar quando houver milhares de arquivos?