Como podemos lidar com tabelas de interseção que rapidamente crescem muito?

Por exemplo, temos a tabela A e a tabela B, que têm um relacionamento muitos para muitos. Uma tabela de interseção, a Tabela C armazena A.id e B.id junto com um valor que representa um relacionamento entre os dois. Ou como um exemplo concreto, imagine stackexchange que tem uma conta de usuário, um fórum e uma pontuação de karma. Ou um estudante, um curso e uma nota. Se a tabela A e B forem muito grandes, a tabela C pode e provavelmente crescerá monstruosamente grande muito rapidamente (na verdade, vamos supor que sim). Como lidamos com esse problema? Existe uma maneira melhor de projetar as tabelas para evitar isso?

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