O que eu preciso fazer é: Estado Original:

<div class="shuffledv">
<div id="1"></div>
<div id="2"></div>
<div id="3"></div>
</div>
<div class="shuffledv">
<div id="4"></div>
<div id="5"></div>
<div id="6"></div>
</div>

Depois do Shuffle:

<div class="shuffledv">
<div id="2"></div>
<div id="3"></div>
<div id="1"></div>
</div>
<div class="shuffledv">
<div id="5"></div>
<div id="4"></div>
<div id="6"></div>
</div>

Os Divs dentro do primeiro div permanecem lá, mas são embaralhados, e o mesmo acontece para o segundo div com a mesma classe. Para misturar divs dentro de um div específico, eu uso algo assim:

function shuffle(e) {               // pass divs inside #parent to the function
            var replace = $('<div>');
            var size = e.size();

            while (size >= 1) {
                var rand = Math.floor(Math.random() * size);
                var temp = e.get(rand);      // grab a random div from #parent
                replace.append(temp);        // add the selected div to new container
                e = e.not(temp); // remove our selected div from #parent
                size--;
            }
            $('#parent').html(replace.html()); // add shuffled divs to #parent
}

Chamado mentira isso:shuffle('#parent .divclass') Onde todos os Divs com classedivclass estão dentro#parent Eu acho que deveria começar algo como

function shuffle() {        
            $(".shuffledv").each(function() {

e depois fazer alguma forma da função original, mas acabei de me perder completamente neste ponto. Eu não tenho ideia de como avançar a partir daqui. Por favor, deixe-me saber se você precisar de mais informações.