Eu quero gerar uma assinatura RSA-SHA256 em Java, mas não consigo fazer com que ela produza a mesma assinatura do OpenSSL no console.

Isto é o que eu fiz com o OpenSSL (seguindoeste tutorial):

Gerar par de chaves:

openssl genrsa -out private.pem 1024

Extrair chave pública:

openssl rsa -in private.pem -out public.pem -outform PEM -pubout

Crie um hash de dados:

echo 'data to sign' > data.txt
openssl dgst -sha256 < data.txt > hash

O arquivo de hash gerado começa com(stdin)= o que eu removi à mão (primeiro esqueci de mencionar, obrigado mata).

Sinal de hash:

openssl rsautl -sign -inkey private.pem -keyform PEM -in hash  > signature

Para reproduzir os resultados em Java, converti primeiro a chave privada de PEM para DER:

openssl pkcs8 -topk8 -inform PEM -outform DER -in private.pem -nocrypt > private.der

Agora eu escrevi essa classe Java para gerar a mesma assinatura:

public class RSATest {

    public static void main(String[] args) throws IOException,
            NoSuchAlgorithmException, InvalidKeySpecException,
            InvalidKeyException, SignatureException {

        byte[] encodedPrivateKey = readFile("private.der");
        byte[] content = readFile("data.txt");

        KeyFactory keyFactory = KeyFactory.getInstance("RSA");
        PKCS8EncodedKeySpec keySpec = new PKCS8EncodedKeySpec(encodedPrivateKey);
        RSAPrivateKey privateKey = (RSAPrivateKey) keyFactory
                .generatePrivate(keySpec);

        Signature signature = Signature.getInstance("SHA256withRSA");
        signature.initSign(privateKey);
        signature.update(content);
        byte[] signatureBytes = signature.sign();

        FileOutputStream fos = new FileOutputStream("signature-java");
        fos.write(signatureBytes);
        fos.close();
    }

    private static byte[] readFile(String filename) throws IOException {
        File file = new File(filename);
        BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(new FileInputStream(
                file));
        byte[] bytes = new byte[(int) file.length()];
        bis.read(bytes);
        bis.close();
        return bytes;
    }

}

Infelizmente os resultados não são os mesmos, então acho que devo ter feito algo errado, mas não consigo descobrir o quê. Alguém de vocês pode me ajudar a encontrar o bug?