Eu tenho um MOJO que eu gostaria de executar uma vez, e uma vez somente após a fase de teste do último projeto no reator para executar.

Usando:

if (!getProject().isExecutionRoot()) {
        return ;
}

no início do método execute () significa que meu mojo é executado uma vez, no entanto, no início da compilação - antes de todos os outros módulos filhos.