Por que você não pode UnRegisterStartupScript?
Parece-me um pouco estranho que você pode fazer ..
Page.ClientScript.RegisterStartupScript(this.GetType(), "KeyName", "alert('changed my mind')", true);
E, mais tarde, você não poderá cancelar o registro ou impedir que o javascript seja processado de forma programática.
Por que a Microsoft faria isso?
Eu não gosto do trabalho por aqui ..http://hemant-vikram.blogspot.com/2005/11/unregister-startup-script-workaround.html
E eu não gosto da opção de apenas registrá-lo novamente e fazer com que ele não faça nada ..
Pensamentos?