Uma matriz de transição de primeira ordem de 6 estados pode serconstruído muito elegantemente como segue

 x = [1 6 1 6 4 4 4 3 1 2 2 3 4 5 4 5 2 6 2 6 2 6]; % the Markov chain
 tm = full(sparse(x(1:end-1),x(2:end),1)) % the transition matrix.

Então, aqui está o meu problema, como você constrói uma matriz de transição de segunda ordem elegantemente? A solução que encontrei é a seguinte

 [si sj] = ndgrid(1:6);
 s2 = [si(:) sj(:)]; % combinations for 2 contiguous states
 tm2 = zeros([numel(si),6]); % initialize transition matrix
 for i = 3:numel(x) % construct transition matrix
   tm2(strmatch(num2str(x(i-2:i-1)),num2str(s2)),x(i))=...
   tm2(strmatch(num2str(x(i-2:i-1)),num2str(s2)),x(i))+1;
 end

Existe uma alternativa de um / dois-liner, sem loop?

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Edit: Eu tentei comparar minha solução contra Amro com "x = round (5 * rand ([1,1000]) + 1);"

 % ted teng's solution
 Elapsed time is 2.225573 seconds.
 % Amro's solution
 Elapsed time is 0.042369 seconds. 

Que diferença! PARA SUA INFORMAÇÃO,grp2idx está disponível online.