Luché con algunos problemas de final de línea de unos 20 intentos y algunas cosas extrañas sucedieron. Ahora git fsck muestra:

Checking object directories 100% (256/256), done.
error in tree ee2060e71cb36d33be5ddc1fe9ca8d7dd0ab35cd: contains duplicate file entries
Checking objects: 100% (8633/8633), done.

y git show ee2060 muestra:

File1.cs
File2.cs
File2.cs
File2.cs
File3.cs

Esto me impide empujar a mi control remoto. git push shows:

error: unpack failed: index-pack abnormal exit
To https://github.com/username/Project.git
 ! [remote rejected] master -> master (n/a (unpacker error))
error: failed to push some refs to 'https://github.com/username/Project.git'

He intentado reembalar y recoger la basura. ¿Como puedo resolver este problema?