Cómo adjuntar a un archivo cifrado AES

Estoy escribiendo algún tipo de registrador que produce un archivo de registro encriptado. Desafortunadamente, la criptografía no es mi lado fuerte. Ahora puedo escribir para archivar varios mensajes y luego cerrar el archivo. Luego puedo abrirlo, adjuntar algunos mensajes, cerrar de nuevo y después del descifrado, veo bytes de relleno en el medio del archivo. ¿Hay alguna forma de trabajar con un archivo cifrado sin tener que descifrarlo cada vez que quiera adjuntar algunos mensajes?

EDITAR: poco mas detalles. La implementación actual utiliza CipherOutputStream. Según tengo entendido, no hay manera debuscar usandolo ¿Puedo usar la opción 'NoPadding' si controlaré que el tamaño de los datos de salida es divisible por tamaño de bloque?

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