Linux configure / make, --prefix?

Ten cuidado conmigo, este no es muy fácil de explicar ...

Estoy tratando deconfigure, make ymake install Xfce en mi directorio de compilación buildroot. Al configurar estoy usando

--prefix=/home/me/somefolder/mybuild/output/target

para que se construya en la carpeta correcta, sin embargo, cuando se comprime y ejecuta, obtengo errores de varios archivos de configuración donde está buscando archivos en

/home/me/somefolder/mybuild/output/target

(que por supuesto no existe)

¿Cómo configuro en qué carpeta construir, pero configurar un directorio raíz diferente para los archivos de configuración para utilizar?

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