¿Cómo especifico diferentes rangos de color para diferentes niveles?
Estoy haciendo una redlevelplot desdex yy factores que van desde [0,1]:
x y level
1 m3134 m3134 1.0000000
2 m3134 m416B 0.4189057
3 m416B m3134 0.2696508
4 m3134 mA20 0.3322170
5 mA20 m3134 0.2454191
6 m3134 mB 0.3176792
...
Aquí está el script R que utilizo para hacer la figura a partir de estos datos:
#!/foo/bar/bin/Rscript --vanilla
args <- commandArgs(TRUE)
mtxFn <- args[1]
pdfFn <- args[2]
mtx <- read.table(mtxFn, col.names=c("x", "y", "level"))
mtx$level[(mtx$level == 1)] <- NA
library(lattice)
trellis.device(dev=pdf, file=pdfFn)
colors <- colorRampPalette(c('red', 'white'))(256)
fig <- levelplot(level~x*y,
data=mtx,
col.regions=colors,
xlab="",
ylab="",
aspect="iso",
scales=list(
x=list(rot=90)
),
panel=function(...) {
arg <- list(...)
panel.levelplot(...)
panel.text(mtx$x, mtx$y, round(mtx$level*100,0), cex=0.5)
}
)
print(fig)
graphics.off();
Esto funciona bien. Me sale la siguiente figura:
in embargo, en lugar de tener celdas etiquetadas comoNA, Me gustaría dejarlos como1.00alores @, pero coloree todas las celdas entre 10 (un nivel de0.10) y 79 (un nivel de0.79) concolors. Cualquier cosa mayor que 79 se colorea con el mismo color que el que se aplica a una celda con aprox. nivel de 79. O, preferiblemente, dichas celdas serían de color negro, sin ningún texto dentro de ellas.
Hay una manera de lograr esto conlevelplot y celosía @
EDICIÓN FINAL
Esto no da mucho degradado en los colores, pero estoy lo suficientemente cerca como para otorgar la recompensa, y tal vez mirar enggplot2 como alternativa. Gracias por todo tu trabajo duro en esto
Aquí está la edición final de mi script:
#! /foo/bar/bin/Rscript --vanilla
args <- commandArgs(TRUE)
dfFn <- args[1]
pdfFn <- args[2]
df <- read.table(dfFn,
col.names=c("x", "y", "level"),
stringsAsFactors=TRUE,
colClasses=c("factor", "factor", "numeric"))
df$level <- round(df$level*100, 0)
# reorder cell type row-factors (in reverse of given order)
df$y <- factor(df$y, levels=unique(df$y[length(df$y):1]))
lowestValue <- min(df$level)
secondHighestValue <- unique(sort(df$level, decreasing=TRUE))[2]
n <- 10
col.seq <- seq(lowestValue, secondHighestValue, length.out=n)
brks <- c(0, col.seq, Inf)
cuts <- cut(df$level, breaks = brks)
colors <- colorRampPalette(c("white", "red"))(length(levels(cuts))-1)
colors <- c(colors, "black")
cls <- rep(colors, times = table(cuts))
library(lattice)
trellis.device(dev=pdf, file=pdfFn)
fig <- levelplot(cuts~x*y,
data = df,
cuts = n,
col.regions=cls,
xlab="",
ylab="",
aspect="iso",
scales=list(
x=list(rot=90)
),
panel=function(...) {
arg <- list(...)
panel.levelplot(...)
panel.text(df$x, df$y, df$level, cex=0.5)
},
colorkey=list(col=colorRampPalette(c("white", "red"))(length(col.seq)), at=col.seq)
)
print(fig)
graphics.off()
Aquí está ellevelplot que hace este script:
Si aumenton encima15, el color de la celda se rompe una vez más, volviendo a una diagonal de rojo brillante, en lugar de negro (como se muestra).