¿Dónde deben ir los scripts JS en un archivo HTML?

Si tiene un código JS que está destinado a ejecutarse como parte de la carga / construcción de la página, ¿en qué parte del HTML debería ir esto? Por ejemplo, modificar una<div> o agregando algunos enlaces. Si esto se pone en la<body>, intercalado con HTML? ¿O debería serEntr el<head> y<body> elementos? En qué orden ocurren las cosas: el orden en que están en la página o el HTML antes (no-<head>) JS se ejecuta?

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