He creado una aplicación JavaFX (ejecutándose en Ubuntu, Java (TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_131-b11)) y he creado una aplicación de prueba simple:

  public class DelayedSceneApplication extends Application {
    @Override
    public void start(Stage primaryStage) throws Exception {
        primaryStage.setTitle("Test");
        primaryStage.setResizable(false);

        // Root.
        BorderPane root = new BorderPane();
        Scene scene = new Scene(root);
        primaryStage.setScene(scene);

        // Buttons box.
        HBox buttonBox = new HBox();
        buttonBox.setPadding(new Insets(10));
        buttonBox.getChildren().addAll(new Button("Test"));

        root.setBottom(buttonBox);
        primaryStage.show();
    }
  }

El problema es que a veces, después de que se muestra el escenario, la escena no se carga. A veces toma un segundo mostrar el botón, a veces más de 20 segundos. Cuando la escena aún no se ha mostrado y haciendo clic en la escena, el botón se muestra inmediatamente. Nuevamente, a veces el botón se muestra correctamente al inicio. Esto sucede, como se menciona al azar. Para reproducir este comportamiento, hay que reiniciar la aplicación varias veces. ¿Dónde cometí un error? ¿Es un error? ¿Quizás no sea reproducible en otro entorno (Windows, otra versión de JAVA, ...)?

¡Muchas gracias!

Actualizar: La salida con-Dprism.verbose=true opción:

Prism pipeline init order: es2 sw 
Using java-based Pisces rasterizer
Using dirty region optimizations
Not using texture mask for primitives
Not forcing power of 2 sizes for textures
Using hardware CLAMP_TO_ZERO mode
Opting in for HiDPI pixel scaling
Prism pipeline name = com.sun.prism.es2.ES2Pipeline
Loading ES2 native library ... prism_es2
    succeeded.
GLFactory using com.sun.prism.es2.X11GLFactory
(X) Got class = class com.sun.prism.es2.ES2Pipeline
Initialized prism pipeline: com.sun.prism.es2.ES2Pipeline
Maximum supported texture size: 16384
Maximum texture size clamped to 4096
Non power of two texture support = true
Maximum number of vertex attributes = 16
Maximum number of uniform vertex components = 16384
Maximum number of uniform fragment components = 16384
Maximum number of varying components = 128
Maximum number of texture units usable in a vertex shader = 32
Maximum number of texture units usable in a fragment shader = 32
Graphics Vendor: Intel Open Source Technology Center
       Renderer: Mesa DRI Intel(R) Kabylake GT2 
        Version: 3.0 Mesa 17.0.3
 vsync: true vpipe: true
ES2ResourceFactory: Prism - createStockShader: FillPgram_Color.frag
new alphas
ES2ResourceFactory: Prism - createStockShader: Texture_Color.frag
ES2ResourceFactory: Prism - createStockShader: Texture_LinearGradient_PAD.frag
ES2ResourceFactory: Prism - createStockShader: Solid_TextureRGB.frag
ES2ResourceFactory: Prism - createStockShader: Solid_TextureFirstPassLCD.frag
ES2ResourceFactory: Prism - createStockShader: Solid_TextureSecondPassLCD.frag