Configure la configuración de autenticación IIS utilizando la clase ServerManager

Estoy usando la clase ServerManager (de Microsoft.Web.Administration) para crear aplicaciones en un servidor que ejecuta IIS 7. Quiero configurar si la aplicación usa autenticación anónima o autenticación de Windows en función de la aplicación, por lo que no puedo simplemente solicite a TI que cambie la configuración en el sitio raíz. El contenido de la aplicación pertenece a un tercero, por lo que no puedo cambiar el archivo web.config dentro de la aplicación.

La clase de aplicación no expone ninguna propiedad útil, pero ¿tal vez podría hacer algo usando el método GetApplicationHostConfiguration de ServerManager?

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