conjunto de datos de documentación con roxygen2
Estoy tratando de documentar algunos conjuntos de datos en un paquete R usando roxygen2. Considerando solo uno de estos:
Yo tengomypkg/data/CpG.human.GRCh37.RDa
que contiene un objeto llamadoCpG.human.GRCh37
y un archivo llamado:mypkg/R/cpg-data.R
, que contiene
#' @name CpG.human.GRCh37
#' @title CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19
#' @description This data set list the genomic locations of human CpG islands,
#' with coordinates based on the GRCh37 / hg19 genome build.
#' @docType data
#' @usage CpG.human.GRCh37
#' @format a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.
#' @source UCSC Table Browser
#' @author Mark Cowley, 2012-03-05
#' @export
NULL
Cuando oxigeno, esto se creamypkg/man/CpG.human.GRCh37.Rd
, que contiene:
\docType{data}
\name{CpG.human.GRCh37}
\alias{CpG.human.GRCh37}
\title{CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19}
\format{a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.}
\source{
UCSC Table Browser
}
\description{
This data set list the genomic locations of human CpG
islands, with coordinates based on the GRCh37 / hg19
genome build.
}
\author{
Mark Cowley, 2012-03-05
}
\usage{CpG.human.GRCh37}
\keyword{datasets}
yexport(CpG.human.GRCh37)
se agrega elNAMESPACE
archivo
pero cuando yoR CMD CHECK
Yo obtengo
...
** testing if installed package can be loaded
Error in namespaceExport(ns, exports) :
undefined exports: CpG.human.GRCh37
Error: loading failed
...
Nunca le dije a R dónde encontrar este conjunto de datos, aunque supondría que lamypkg/data/<name>.RDa
sería una buena primera suposición. Cualquier pista sería increíble.
Si Hadley está mirando, me doy cuenta de que no se crea una sección \ uso y se ignora la directiva @usage.
Estoy usando roxygen-2.2.2, en R 2.13.1