video capturado desde iphone se gira cuando se convierte a .mp4 usando ffmpeg

Cuando intento cargar videos capturados desde mi iPhone en mi aplicación, el servidor realiza una conversión de .mov a .mp4 para que pueda reproducirse en otras plataformas. Sin embargo, el problema es que cuando grabo el video (en orientación vertical) y se convierte (usando ffmpeg) y luego se reproduce desde el servidor, parece rotar. ¿Alguna idea