El problema es que Komodo intelli-sense no ve métodos de objetos definidos de esta manera:

var App = window.App || {
  method: function() {
    ...
  }
}

Escribiendo "Aplicación". no da ningún resultado.

Sin embargo, definir un objeto como el siguiente funciona bien:

var App = {
   method: function(){
   }
}

¿Cómo hacer que el autocompletado funcione en el primer patrón de ejemplo?