Estoy preguntando desde una perspectiva "más segura". Puedo imaginar un escenario con dos claves privadas necesarias para escenarios de descifrado que pueden hacer de este un modelo atractivo. Creo que no está agregando ninguna seguridad adicional más que tener que comprometer dos claves privadas diferentes. Creo que si fuera más seguro que cifrarlo un millón de veces sería la mejor manera de proteger la información.

Update un par de años después: como señala Rasmus Faber, se agregó el cifrado 3DES para extender la vida útil del cifrado DES que tuvo una adopción generalizada. Cifrar dos veces usando la misma clave sufre deConoce en el medio ataque mientras que el cifrado por tercera vez ofrece una mayor seguridad