import itertools
ws=[]
subs=[]
set_subs=[]
for i in xrange(int(raw_input())):
    S=raw_input()
    l=len(S)
    subs.append(S[i:j+1] for i in xrange(l) for j in xrange(i,l))

entrada:

2
aab
aac

ahora ambossubs[0] ysubs[1] dame el mismo resultado

print list(subs[0])
>>>['a','aa','aac','a','ac','c']
print list(subs[1])
>>>['a','aa','aac','a','ac','c']

mientraslist(subs[0]) debería haber sido['a','aa','aab','a','ab','b']

Entiendo vagamente por qué está sucediendo esto. Que hago para hacersubs[0] ysubs[1] en realidad diferente

NOTA: cambiando la linea

subs.append(S[i:j+1] for i in xrange(l) for j in xrange(i,l))

con

subs.append([S[i:j+1] for i in xrange(l) for j in xrange(i,l)])

no es una opinión