Tratar con valores faltantes para el cálculo de correlaciones

Tengo una matriz enorme con muchos valores faltantes. Quiero obtener la correlación entre las variables.

1. Es la solución

cor(na.omit(matrix))

mejor que a continuación?

cor(matrix, use = "pairwise.complete.obs")

Ya he seleccionado solo variables que tienen más del 20% de los valores faltantes.

2. ¿Cuál es el mejor método para tener sentido?

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