Considera lo siguiente

$object1 = new stdClass();
$object2 = $object1;
$object3 = clone $object1;

$object1->content = 'Ciao';

var_dump($object1);
 // Outputs object(stdClass)#1 (1) { ["content"]=> string(4) "Ciao" }
var_dump($object2);
 // Outputs object(stdClass)#1 (1) { ["content"]=> string(4) "Ciao" }
var_dump($object3);
 // Outputs object(stdClass)#2 (0) { }

¿Es un comportamiento PHP normal que$object2 tiene un contenido idéntico a$object1 ?

Para mí suena como$object2 es una referencia a$object1 en lugar de una copia. Clonar el objeto antes de cambiar el contenido actúa como una copia. Este comportamiento es diferente de lo que sucede con las variables y me parece poco intuitivo.