Tengo una consulta dinámica en una tabla con millones de filas. Al ejecutar la consulta normalmente, se ejecuta en 2 segundos y devuelve 2983 filas. Si agrego TOP 1000 a la consulta, se tarda 10 segundos en ejecutarse.

¿Qué podría estar causando esto?

SELECT * 
  FROM (SELECT l.PatientID,
               l.LabID,
               l.Result
          FROM dbo.Labs l
          JOIN (SELECT MAX(LabDate) maxDate, 
                       PatientID, 
                       LabID 
                  FROM dbo.Labs 
              GROUP BY PatientID, LabID) s ON l.PatientID = s.PatientID
                                          AND l.LabID = s.LabID
                                          AND l.LabDate = s.maxDate) A
 PIVOT(MIN(A.Result) FOR A.LabID IN ([1],[2],[3],[4],[5],[7],[8],[9],[10],[11],[12],[13],[14],[15],[16],[17])) p

Planes de ejecución:

Esta formulación alternativa tiene el mismo problema:

select
    * 
FROM (
    SELECT 
        l.PatientID,
        l.LabID,
        l.Result
    FROM dbo.Labs l
    where l.LabDate = (
        select 
            MAX(LabDate) 
        from Labs l2 
        where l2.PatientID = l.PatientID 
            and l2.LabID = l.LabID
    )
) A
PIVOT(MIN(A.Result) FOR A.LabID IN ([1],[2],[3],[4],[5],[7],[8],[9],[10],[11],[12],[13],[14],[15],[16],[17])) p