¿Dónde debo poner el código CSS y Javascript en una página web HTML?

Al diseñar una página web, ¿dónde debo poner el siguiente código?

<link rel=stylesheet type="text/css" href="css/layout.css">

Debería ponerlo en el<head> o debería ponerlo en el<body>? Por favor aclare las siguientes preguntas:

¿Qué diferencia hace si lo pongo en<head> o en cualquier otro lugar alrededor del código HTML? ¿Qué pasa si tengo dos archivos CSS (o Javascript)? Dado que solo puedo incluir un archivo antes de otro, ¿qué archivo utilizará el navegador web para mostrar la página web?

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