Tengo esto funcionando bien desde la línea de comandos de Linux:

wkhtmltopdf entry.html output.pdf

Pero lo siguiente no funciona desde el código PHP:

exec ('wkhtmltopdf entry.html output.pdf');

Interesante, busqué en Google y muchas soluciones no verificadas y sin explicación de por qué esto es un problema. Gracias si tienes los buenos.