Obtuve una matriz de distancia con los siguientes pasos:

x <- read.table(textConnection('
     t0 t1 t2
 aaa  0  1  0
 bbb  1  0  1
 ccc  1  1  1
 ddd  1  1  0
 ' ), header=TRUE)

Como talx es un marco de datos con encabezados de columna y fila

    t0 t1 t2
aaa  0  1  0
bbb  1  0  1
ccc  1  1  1
ddd  1  1  0

require(vegan)
d <- vegdist(x, method="jaccard")

La matriz de distancia d se obtiene de la siguiente manera:

          aaa       bbb       ccc
bbb 1.0000000                    
ccc 0.6666667 0.3333333          
ddd 0.5000000 0.6666667 0.3333333

Al escribir str (d), descubrí que no es una tabla ordinaria ni un formato csv.

Class 'dist'  atomic [1:6] 1 0.667 0.5 0.333 0.667 ...
  ..- attr(*, "Size")= int 4
  ..- attr(*, "Labels")= chr [1:4] "aaa" "bbb" "ccc" "ddd"
  ..- attr(*, "Diag")= logi FALSE
  ..- attr(*, "Upper")= logi FALSE
  ..- attr(*, "method")= chr "jaccard"
  ..- attr(*, "call")= language vegdist(x = a, method = "jaccard")

Quiero convertir la matriz de distancia a 3 columnas con nuevos encabezados y guardarla como un archivo csv de la siguiente manera:

c1  c2  distance
aaa bbb 1.000
aaa ccc 0.6666667
aaa ddd 0.5
bbb ccc 0.3333333
bbb ddd 0.6666667
ccc ddd 0.3333333