Tomé un script aquí para rastrear un sitio web, lo puse en mi servidor y funciona. El único problema es que si trato de rastrear establecer la profundidad por encima de 4, no funciona. Me pregunto si se debe a la falta de recursos de los servidores o al código en sí mismo.

<?php

error_reporting(E_ALL); 

function crawl_page($url, $depth)
{
    static $seen = array();
    if (isset($seen[$url]) || $depth === 0) {
        return;
    }
    $seen[$url] = true;

    $dom = new DOMDocument('1.0');
    @$dom->loadHTMLFile($url);

    $anchors = $dom->getElementsByTagName('a');
    foreach ($anchors as $element) {
        $href = $element->getAttribute('href');
        if (0 !== strpos($href, 'http')) {
            $href = rtrim($url, '/') . '/' . ltrim($href, '/');
        }
        crawl_page($href, $depth - 1);
    }
    echo "URL:",$url,PHP_EOL;
    echo  "<br/>";
}
crawl_page("http://www.mangastream.com/", 2);
?>

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Encendí el informe de errores para el script y todo lo que obtengo es este

Error 324 (net :: ERR_EMPTY_RESPONSE): error desconocido.