Ejemplo mínimo que no lo logra:

[X,Y,Z] = peaks;
figure;
pcolor(X,Y,Z);
shading flat;
hold all;
axes;
contour(X,Y,Z);
colormap gray;  % this should only apply to the contour plot axes...
axis off;       % ... but it doesn't

Esto muestra tanto el diagrama de contorno como el diagrama de pseudo color en el mapa de colores en escala de grises. Sin embargo, lo que quiero lograr es solo cambiar los contornos de gris.

ste es solo un ejemplo minimalista, en realidad el diagrama de contorno es de datos diferentes que tienen un rango diferente, por lo que dos independientescaxis la configuración también es necesaria.