He reducido el problema al mínimo posible cuando el problema aún está presente.

No entiendo de dónde viene el espacio naranja.

Una pist: Al eliminar una imagen, el espacio naranja desaparece ...

.OutterContainer {
  display: flex;
  flex-wrap: wrap;

  flex-direction: column;

  background-color: orange;
}

.InnerContainer {
  display: flex;

  background-color: blue;
}

.InnerItem {
  flex-basis: 90%;

  background-color: purple;
}

<div class="OutterContainer">
    <div>
        <div class="InnerContainer">
            <div class="InnerItem">
                <img src="http://via.placeholder.com/100x100">
                <img src="http://via.placeholder.com/100x100">
            </div>
        </div>
    </div>
</div>