Ordenando sangría de salida HTML5 en PHP

Mi aplicación web produce resultados HTML5 como una concatenación de un número variable de vistas. El resultado final es un desastre de sangría:

            </div>
        </div>

        <div id="content">

<div id="question-header">
    <h1>

Quiero sangrar el código para ocultar el origen de las vistas individuales y hacer que la salida sea más fácil de seguir.

He buscado en laTidy PHP extension pero todos mis intentos de hacerlo funcionar con HTML5 han producido sangría incorrecta.

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