Para dar especificaciones sobre dónde probé esto, HTC Desire S, Android 2.3.5 y ndk-r8.

Tengo problemas en ndk-r7b y en ndk-r8 para acceder a los directorios de lectura y escritura locales usando android_app-> activity-> internalDataPath o externalDataPath ya que ambos son NULL. Veo que esto se ha publicado en versiones anteriores y una actualización solucionaría esto de acuerdo con esta publicación:

¿Cómo escribo en el sistema de archivos de almacenamiento interno con NativeActivity?

Tal vez esto se solucione en Ice Cream Sandwich, pero eso dista mucho de ser ideal, ya que mi cadena de herramientas admite perfectamente la compatibilidad con versiones anteriores para capturar a quienes no actualizan. Entonces, mi pregunta es: ¿hay una solución conocida o tengo que agregar manualmente la estructura de directorios como "/data/data/com.example.mytest/files/somefile.dat" hasta que se solucione?