Gracias a esta pregunta: SO-Q Ahora he entendido cómo eliminar los rastros. En este caso, simplemente elimino 0: 2, pero puedo cambiar eso a, es decir,array(O:unique(factor(df$group))) para eliminar la cantidad de grupos que mi modelo había creado en una ejecución anterior.

in embargo, lo que no he podido descubrir es cómo agregar múltiples trazas, 1 para cada factor en la columna de destino, y colorearlos con los colores enTHECOLORS

library("shiny")
library("plotly")

rock[,2] <- sample(c('A', 'B', 'C'), 48, replace = T)
THECOLORS <- c('#383838', '#5b195b','#1A237E', '#000080', '#224D17', '#cccc00', '#b37400',  '#990000')

ui <- fluidPage(
  selectInput("dataset", "Choose a dataset:", choices = c("mtcars","rock")),

  plotlyOutput("Plot1")
)


server <- function(input, output, session) {


  dataSource <- reactive({switch(input$dataset,"rock" = rock,"mtcars" = mtcars)})

  output$Plot1 <-  renderPlotly({plot_ly(mtcars, x = ~mpg, y = ~hp, type = 'scatter', mode = 'markers', color = as.factor(mtcars$cyl), colors = THECOLORS) })

  observeEvent(input$dataset, {
    f <- list(
      family = "Courier New, monospace",
      size = 18,
      color = "#7f7f7f"
    )
    x <- list(
      title = "x Axis",
      titlefont = f, 
      range = c(0,(max(dataSource()[,1])+ 0.1*max(dataSource()[,1])))
    )
    y <- list(
      title = "y Axis",
      titlefont = f,
      range = c(0,(max(dataSource()[,4])+ 0.1*max(dataSource()[,4])))
    )
    plotlyProxy("Plot1", session) %>%
      plotlyProxyInvoke("deleteTraces",array(0:2)) %>% 
      # lapply(unique(dataSource()[,2], function(x) {  data <- dataSource()[which(dataSource()[,2] == x)],
      #                                   plotlyProxyInvoke("addTraces", 
      #                                     
      #                                     x = data()[,1],
      #                                     y = data()[,4],
      #                                     type = 'scatter',
      #                                     mode = 'markers')}) %>%

      plotlyProxyInvoke("relayout", list(xaxis = x, yaxis = y))
  })
}

shinyApp(ui, server)