Considera lo siguientedata.frame y gráfico:

library(ggplot2)
library(scales)
df <- data.frame(L=rep(LETTERS[1:2],each=4),
                 l=rep(letters[1:4],2),
                 val=c(96.5,1,2,0.5,48,0.7,0.3,51))
#   L l  val
# 1 A a 96.5
# 2 A b  1.0
# 3 A c  2.0
# 4 A d  0.5
# 5 B a 48.0
# 6 B b  0.7
# 7 B c  0.3
# 8 B d 51.0

ggplot(df,aes(x=L,y=val,fill=l)) +
  geom_bar(stat="identity") +
  geom_text(aes(label=percent(val/100)),position=position_stack(vjust =0.5))

Algunas etiquetas son difíciles de leer debido a los valores pequeños. Me gustaría inquietarlos verticalmente. Soy consciente deposition_jitter pero no parece compatible con un gráfico de barras apiladas.