Un poco de historia:

Estoy comenzando con GPGPU (OpenCL), estoy usando un contenedor java (jogamp.jocl) con la esperanza de que me proporcione una forma de abstraer el nivel de nitidez de bajo nivel y usar OOP estándar en niveles más altos. Ya puedo ver en los diversos ejemplos de Hello World que tendré que administrar las colas yo mismo.

Mi pregunta:

¿Hay patrones conocidos para GPGPU o buenos recursos (como en los libros) sobre patrones de diseño para arquitecturas paralelas masivas en general?

Mi enfoque está en las simulaciones biológicas, pero realmente no debería marcar la diferencia.