Esta es una excepción común que recibo diariamente en el registro de mi aplicación, generalmente 5/6 veces al día con un tráfico de 1K visitas / día:

db error trying to store stats
Traceback (most recent call last):
  File "/base/data/home/apps/stackprinter/1b.347728306076327132/app/utility/worker.py", line 36, in deferred_store_print_statistics
    dbcounter.increment()
  File "/base/data/home/apps/stackprinter/1b.347728306076327132/app/db/counter.py", line 28, in increment
    db.run_in_transaction(txn)
  File "/base/python_runtime/python_lib/versions/1/google/appengine/api/datastore.py", line 1981, in RunInTransaction
    DEFAULT_TRANSACTION_RETRIES, function, *args, **kwargs)
  File "/base/python_runtime/python_lib/versions/1/google/appengine/api/datastore.py", line 2067, in RunInTransactionCustomRetries
    ok, result = _DoOneTry(new_connection, function, args, kwargs)
  File "/base/python_runtime/python_lib/versions/1/google/appengine/api/datastore.py", line 2105, in _DoOneTry
    if new_connection.commit():
  File "/base/python_runtime/python_lib/versions/1/google/appengine/datastore/datastore_rpc.py", line 1585, in commit
    return rpc.get_result()
  File "/base/python_runtime/python_lib/versions/1/google/appengine/api/apiproxy_stub_map.py", line 530, in get_result
    return self.__get_result_hook(self)
  File "/base/python_runtime/python_lib/versions/1/google/appengine/datastore/datastore_rpc.py", line 1613, in __commit_hook
    raise _ToDatastoreError(err)
Timeout: The datastore operation timed out, or the data was temporarily unavailable.

La función que genera la excepción anterior es la siguiente:

def store_printed_question(question_id, service, title):
    def _store_TX():
        entity = Question.get_by_key_name(key_names = '%s_%s' % \
                                         (question_id, service ) )
        if entity:
            entity.counter = entity.counter + 1                
            entity.put()
        else:
            Question(key_name = '%s_%s' % (question_id, service ),\ 
                          question_id ,\
                          service,\ 
                          title,\ 
                          counter = 1).put()
    db.run_in_transaction(_store_TX)

Básicamente, elstore_printed_question compruebe si una pregunta dada se imprimió previamente, incrementando en ese caso el contador relacionado en una sola transacción.
Esta función es agregada por unWebHandler a undiferido trabajador utilizando el predefinidodefecto cola que, como ya sabrá, tiene una tasa de rendimiento de cinco invocaciones de tareas por segundo.

En una entidad con seis atributos (dos índices) pensé que usaractas regulado por un límite de tasa de tarea diferida me permitiría evitar los tiempos de espera del almacén de datos, pero, mirando el registro, este error sigue apareciendo a diario.

Este contador que estoy almacenando no es tan importante, por lo que no me preocupa obtener estos tiempos de espera; de todos modos, tengo curiosidad por qué Google App Engine no puede manejar esta tarea correctamente, incluso a una velocidad baja, como 5 tareas por segundo, y si reducir la velocidad podría ser una posible solución.
A contador fragmentado en cada pregunta para evitar tiempos de espera sería una exageración para mí.

EDITAR:
He establecido el límite de velocidad en 1 tarea por segundo en la cola predeterminada; Todavía recibo el mismo error.