¿Se pueden realizar consultas SQL dinámicas en el código?

En lugar de codificación rígida de consultas SQL comoSelect * from users where user_id =220202 ¿Se pueden hacer dinámicas comoSelect * from $users where $user_id = $input.

La razón por la que pregunto es cuando se necesitan cambios en los nombres de tabla / columna, solo puedo actualizarlo en un lugar y no tener que pedirle a los desarrolladores que busquen línea por línea para encontrar todas las referencias para actualizar. Es muy lento. Y no me gusta la idea de exponer cosas de la base de datos en el código.

Mi mayor preocupación es el tiempo de carga. Al igual que con las páginas dinámicas, la base de datos debe buscar el contenido de la página, de la misma manera si las consultas son dinámicas, primero el sistema tiene que buscar las referencias y luego ejecutar las consultas, por lo que afecta los tiempos de carga.

Estoy usando codeignitor PHP.

Si es posible, ¿la siguiente pregunta es dónde almacenar todas las referencias? ¿En la aplicación, en un archivo, en la base de datos y cómo?

---EDITAR:
Aún mejor: ¿puede la consulta SQL en sí misma hacerse dinámica? ¿Puedo hacer referencia a $ sqlA en lugar de toda la consulta? De esta manera, si tengo que volver a escribir la consulta, puedo actualizar 1 archivo.

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