Si uso este violínhttps://jsfiddle.net/v70kou59/1/ todo funciona como se esperaba

(function () {
    var output = document.getElementById('output');
    document.getElementById('upload').onclick = function () {
      var data = new FormData();
      data.append('foo', 'bar');
      data.append('file', document.getElementById('file').files[0]);
      var config = {
        onUploadProgress: function(progressEvent) {
          var percentCompleted = Math.round( (progressEvent.loaded * 100) / progressEvent.total );
          console.log(percentCompleted)
        }
      };
      axios.put('/upload/server', data, config)
        .then(function (res) {
          output.className = 'container';
          output.innerHTML = res.data;
        })
        .catch(function (err) {
          output.className = 'container text-danger';
          output.innerHTML = err.message;
        });
    };
  })();

Pero si descargo el repositorio de ejemplos de axios e instalo las dependencias necesarias, la función de devolución de llamada, onUploadProgress ya no funciona como se esperaba. Solo dispara onUploadProgress una vez con "100".https://github.com/axios/axios/tree/master/examples

¿Podría ser esta mi versión del nodo? Parece que debe ser mi máquina.