Algunos valores de matriz no aparecen en la gráfica de Matplotlib

Creé una matriz de referencia vacía de CSV, ubicada (x, y) como una posición en la matriz (y las imprimí), y designé 100 a esa posición en la matriz. Cada x es el valor en la serie ref_mass pandas.

ref_df = pd.read_csv(ref_file)
reference = np.zeros(shape=(1201,len(ref_df)))
ref_mass = ref_df["mass"]

for i, mass in enumerate(ref_mass):
  print ref_mass[i].astype(int) - 300, i # print (x,y)
  reference[(ref_mass[i].astype(int) - 300),i] = 100

Cada (x, y) se imprimió correctamente. Sin embargo, no hay valor en la gráfica de algunos (x, y). ¿Qué pasa aquí? Verifiqué la matriz de referencia, tiene 100 en cada columna correctamente.

El (x, y):

547 0
265 1
124 2
39 3
509 4 # shown
240 5 # shown
105 6
24 7
355 8
137 9
28 10 # shown
394 11
163 12
48 13
347 14
132 15 # shown
24 16

La trama:

Código de trama:

if __name__ == '__main__':
  from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
  import matplotlib.pyplot as plt
  import matplotlib
  matplotlib.matplotlib_fname()

  plt.ylabel('m/z')
  plt.xlabel('Peptides')

  plt.imshow(reference, aspect='auto', cmap='terrain')
  plt.colorbar()
  plt.tight_layout()

  plt.show()

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