Acabo de empezar a leerCore JavaServer Faces, 3ra ed. y dicen esto (énfasis mío):

Es un accidente histórico que haya dos mecanismos separados, los beans CDI y los beans administrados JSF, para los beans que se pueden usar en las páginas JSF.Sugerimos que use frijoles CDI a menos que su aplicación deba funcionar en un servidor de servlet simple como Tomcat.

¿Por qué? No proporcionanalguna justificación. He estado usando@ManagedBean para todos los beans en una aplicación prototipo que se ejecuta en GlassFish 3, y realmente no he notado ningún problema con esto. No me importa especialmente migrar de@ManagedBean a@Named, pero yo quiero saberpor qué debería molestarme.