Actualicé midiagrammer a la versión 0.9.0 y comenzó a renderizar diagramas diferentes de los mismos datos. Mi marco de datos ahora se ve así:

df <- data.frame(col1 = c( "Cat", "Dog", "Bird"),
                 col2 = c( "Feline", "Canis", "Avis"), 
                 stringsAsFactors=FALSE)

El resto del código se ve así:

uniquenodes <- unique(c(df$col1, df$col2))
library(DiagrammeR)
nodes <- create_node_df(n=length(uniquenodes), nodes = seq(uniquenodes),  type="number", label=uniquenodes)
edges <- create_edge_df(from=match(df$col1, uniquenodes), to=match(df$col2, uniquenodes), rel="related")

g <- create_graph(nodes_df=nodes, edges_df=edges)
render_graph(g)

Cuando se usa el código, obtengo este diagrama:

Cuando debería verse así: