No entiendo lo que está pasando aquí (trabajando con RStudio en la plataforma Windows):

Guardar guióntest_abc.R

a <- "ä"
b <- "ü"
c <- "ö"

Luego, ejecute el siguiente scriptTest.R:

compare_text <- function() {
  l <- list()
  if (a != a2) {
    l[[1]] <- c(a, a2)
  }
  if (b != b2) {
    l[[1]] <- c(b, b2)
  }
  if (c != c2) {
    l[[1]] <- c(c, c2)
  }
}

a <- "ä"
b <- "ü"
c <- "ö"
a2 <- "ä"
b2 <- "ü"
c2 <- "ö"

out_text <- compare_text()
# The next active "source-line" overwrites a, b and c!
source("path2/test2_abc.R") # called "V1" OR
# source("path2/test2_abc.R", encoding = "UTF-8") # called "V2"
out_text2 <- compare_text()
print(out_text)
print(out_text2)

Si ejecutas el scripttest.R en la versión V1 obtienes

source('~/Desktop/test1.R', encoding = 'UTF-8')
# NULL
# [1] "ö" "ö"

aunque indica que se ejecuta con codificación UTF-8.
Si ejecutas el scripttest.R en la versión "V2" obtienes

source('~/Desktop/test1.R', encoding = 'UTF-8') 
# NULL
# NULL

No sé si eso está relacionadoenviar es útil.