Creé el diseño de fuerza en d3v4. Se agregaron marcadores en los enlaces para representar la dirección como se muestra en Jfiddle dadohttps://jsfiddle.net/rjyk72ea/
El requisito es que las flechas deben tocar el nodo, pero las flechas se ocultan debajo del nodo (parcial o completamente) cuando el enlace está en dirección diagonal al nodo. ¿Cómo resolver este problema?

var mark = diagramLayout.append("svg:defs").selectAll("marker")//
    .data(["end"])      // Different link/path types can be defined here
    .enter().append("svg:marker")    // This section adds in the arrows
    .attr("id", String)
    .attr("viewBox", "0 -5 10 10")
    .attr("refX", markerRefx)
    .attr("refY", 0)
    .attr("markerWidth", 5)
    .attr("markerHeight", 5)
    .attr("orient", "auto")
    .attr("stroke", "#000")
    .attr("fill", "#000")
    .append("svg:path")
    .attr("d", "M0,-5L10,0L0,5")
    .style("stroke-width", "0.3px")
}