Aquí está el código.

function downloadCL(){   
 document.addEventListener("deviceready", init, false);
    //The directory to store data
var store;

    var assetURL= encodeURI(website address to download the file);
    var fileName = assetURL.substr(assetURL.lastIndexOf('/') + 1); //Get filename of URL    
//    init();
    function init() {


alert("Checking for data file.");

  //  store = cordova.file.externalDataDirectory;
    store = "cdvfile://localhost/persistent/Download/";
    //Check for the file. 
    window.resolveLocalFileSystemURL(store + fileName, appStart, downloadAsset);
 }

    function downloadAsset() {
    var fileTransfer = new FileTransfer();
         alert(store);

        fileTransfer.download(assetURL, store + fileName, 
        function(entry) {
            alert("Success!");
            appStart();
        }, 
        function(err) {
            alert("Error");
            alert(err);
        });
}

 function appStart() {
    alert('done');
}   


}

Si yo usostore = cordova.file.externalDataDirectory; luego el archivo se descarga dentro del directorio de la aplicación.

También intenté codificar la ruta pero no funciona. Recibo una alerta de éxito pero no descargo ningún archivo. Lo estoy probando en el emulador.

Mi objetivo es descargar el archivo en la carpeta de descarga.