NetBeans guarda el código incorrectamente (todo en una línea con cuadrados donde deberían estar los saltos de línea)

Número 1

He estado usando NetBeans en mi máquina de trabajo para desarrollar un sitio web PHP. El problema que tengo es que usando netbeans, en la aplicación misma, cualquier otra línea es una línea en blanco. Incluso abrir un documento con el formato correcto causará este problema. P.ej.:

Codificado con el Bloc de notas:

<p>Prueba para con
solo un salto de línea estándar
y solo unos pocos más para
muestra lo que quiero decir</p>

Cuando se muestra en NetBeans se muestra como:

<p>Prueba para con

solo un salto de línea estándar

y solo unos pocos más para

muestra lo que quiero decir</p>

Número 2

El problema principal que tengo es que todos los archivos guardados se guardan en una sola línea (probado cuando se abre en el bloc de notas). Esto me causa un problema al cargar, ya que lee los archivos PHP en una sola línea, por lo que el primer comentario hará que se recomiende el resto del documento:

<?php[]include('lib/config.php');[][]$query = "SELECT * FROM......"[][]// This comment now comments out the rest of the document>

El [] representa los cuadros cuadrados que se muestran en el archivo del bloc de notas.

He intentado todas las configuraciones de formato en NetBeans para PHP, pero parece que no puedo resolverlo.

Gracias

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