Considere la siguiente clase:

struct S { ~S() = delete; };

En breve y para el propósito de la pregunta: no puedo crear instancias deS me gustaS s{}; porque no pude destruirlos.
Como se menciona en los comentarios, todavía puedo crear una instancia haciendoS *s = new S;, pero no puedo eliminarlo también.
Por lo tanto, el único uso que puedo ver para un destructor eliminado es algo como esto:

struct S {
    ~S() = delete;
    static void f() { }
};

int main() {
    S::f();
}

Es decir, defina una clase que exponga solo un montón de funciones estáticas y prohíba cualquier intento de crear una instancia de esa clase.

¿Cuáles son los otros usos (si los hay) de un destructor eliminado?