Excepción de Jersey solo lanzada cuando las dependencias se ensamblan en un solo frasco

Estoy escribiendo un servidor que incrusta Jetty w / Jersey. Cuando ejecuto desde Eclipse, todo es genial. Sin embargo, si reúno mi servidor y todas las dependencias en un solo contenedor utilizando el ensamblaje de Maven: un solo objetivo, obtengo una excepción:

Sep 26, 2012 5:35:59 PM com.sun.jersey.spi.container.ContainerResponse write
SEVERE: A message body writer for Java class com.acme.server.webservice.
exception.WebServiceFailure, and Java type class com.acme.server.webserv
ice.exception.WebServiceFailure, and MIME media type application/json was not fo
und
Sep 26, 2012 5:35:59 PM com.sun.jersey.spi.container.ContainerResponse write
SEVERE: The registered message body writers compatible with the MIME media type
are:
*/* ->
  com.sun.jersey.server.impl.template.ViewableMessageBodyWriter

17:35:59.372 [qtp184245201-22 - /] ERROR o.a.h.ReflectorServletProcessor - onReq
uest()
javax.ws.rs.WebApplicationException: com.sun.jersey.api.MessageException: A mess
age body writer for Java class com.acme.server.webservice.exception.WebS
erviceFailure, and Java type class com.acme.server.webservice.exception.
WebServiceFailure, and MIME media type application/json was not found
        at com.sun.jersey.spi.container.ContainerResponse.write(ContainerRespons
e.java:285) ~[vma-server-0.0.1-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar:na]
        at com.sun.jersey.server.impl.application.WebApplicationImpl._handleRequ
est(WebApplicationImpl.java:1457) ~[server-0.0.1-SNAPSHOT-jar-with-dependenc
ies.jar:na]

...

El rastro completo está aquí, si es útil:https://gist.github.com/3790817

Maven no lanza errores mientras crea el jar-with-dependencies.

Soy un principiante con Maven y despliegue de Java, y realmente no estoy seguro de cómo proceder con la depuración.

Además, aunque necesito resolver este problema, también apreciaría cualquier solución alternativa sugerida, ya que necesito producir una demostración ejecutable de mi servidor lo antes posible que un Jefe de pelo puntiagudo (tm) pueda ejecutar sin Eclipse.

Solución:

Basándome en la respuesta de Pavel, dejé caer el plugin de maven-assemly a favor de maven-shade-plugin. Aquí está la configuración de la sombra que funcionó para mí:

        <plugin>
            <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
            <artifactId>maven-shade-plugin</artifactId>
            <version>2.0</version>
            <executions>
                <execution>
                    <phase>package</phase>
                    <goals>
                        <goal>shade</goal>
                    </goals>
                    <configuration>
                        <transformers>
                        <!--  use transformer to handle merge of META-INF/services - see http://java.net/jira/browse/JERSEY-440?focusedCommentId=14822&page=com.atlassian.jira.plugin.system.issuetabpanels%3Acomment-tabpanel#action_14822 -->
                            <transformer
                                implementation="org.apache.maven.plugins.shade.resource.ServicesResourceTransformer" />
                        </transformers> 
                        <filters>
                            <!--  filter to address "Invalid signature file" issue - see http://stackoverflow.com/a/6743609/589215-->
                            <filter>
                                <artifact>*:*</artifact>
                                <excludes>
                                    <exclude>META-INF/*.SF</exclude>
                                    <exclude>META-INF/*.DSA</exclude>
                                    <exclude>META-INF/*.RSA</exclude>
                                </excludes>
                            </filter>
                        </filters>
                    </configuration>
                </execution>
            </executions>
        </plugin>

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